在地下水流数值模拟中，线性代数方程组求解的计算量往往占有很大比重，成为了制约整体性能的瓶颈问题。针对基于JASMIN框架的大规模地下水流并行数值模拟程序中的并行迭代求解过程，通过对非活动以及定水头单元进行标记并提出基于有效单元数的负载均衡策略，有效提高了应用程序的性能。针对几类常见预处理迭代法的优缺点进行数值分析，探讨了适用于不同类型模型问题的并行预处理迭代法，并通过对典型实际问题的模拟进行了实验性能分析，为大规模地下水流工程应用一类问题选择高效的并行解法器提供了参考依据。