复杂系统的功能涌现往往根植于其网络化的组织结构之中，报告围绕“从结构到功能”这一主线，探讨了多尺度复杂系统的网络表征。针对真实系统中普遍存在的模块化与层次化结构，我们发展了基于生成函数与渗流理论的韧性功能分析框架，揭示了模块间耦合强度对系统整体稳定性的非单调影响，并发现了最优耦合点的存在。进而，引入随机簇模型作为统一框架，证明经典连通性度量—如最短路径、有效电阻与最小割—均可视为该模型在特定极限下的特例，从而建立起结构连通性与系统功能（如传播、同步、鲁棒性）之间的解析桥梁。进一步，在微观量子尺度的网络中，发现非最短路径对纠缠传输的贡献不可忽略，体现了多尺度路径结构对功能实现的独特调控作用。此外，针对有限信息条件下的网络免疫问题，我们建立了部分信息下的目标免疫理论，揭示了少量局部观测即可显著提升系统抗毁性的尺度跨越效应。最后，基于气候与碳通量网络的时间持久性分析，提出了网络结构相似性的度量方法，验证了地球系统在二十年尺度上的稳态特征。上述研究共同表明，多尺度复杂系统的网络表征需要融合结构解析、尺度分析与功能映射的统一数学语言，为设计鲁棒、可预测的复杂系统提供相应的研究基础。